在國外，條碼打印機在醫療上的使用已經十分遍及與完善，而在我國，條碼打印機也陸續開始在醫療上的各種應用。

例如：病例的處理、化驗單的處理、藥品分發的處理、病患的住院處理等等。每一年，醫院都會有大大小小的醫療事端，其間有不少病人拿錯藥品或掌握錯的劑量的事件，也有很多藥品在外觀上不容易分辯，而條形碼是分辯藥品最好的標示。條形碼應用于藥品包裝也有利于防治假藥的商場流通，對于防止假藥在市場上流通起到了不錯的效果。

現在很多醫院選用了帶內嵌式條碼掃描器的條碼打印機，用于查詢化驗單作用。主治醫師從病人采樣到病人進行化驗，在采樣的試管上都貼有條形碼，條形碼的信息都會錄入系統，化驗作用出來后，條碼打印系統會自動打印出化驗單，同時信息也會錄入系統，病人通過手中帶有條形碼的化驗單，在條碼掃描器上獲取化驗單結果，有效改進了因為排隊而造成的醫院擁堵不堪的狀況，大大改善了醫院的就醫環境。

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在藥品發排處理方面，條形碼也能起到很好的作用，方便，快捷，準確的識別各種藥品，避免由于人工依靠藥品外殼，形狀找藥帶來的很多不利因素。住院處理方面，比如新生兒的處理，從前很多醫院都出現過嬰兒認錯，領錯的事件，而現在很多醫院選用條碼打印機打出腕帶，并分別戴在母親與嬰兒的手腕，有效的避免了抱錯孩子這一現象的出現。